Depois de terem superado perigos mortais no episódio anterior, Thomas e os seus companheiros Clareirenses rapidamente percebem que a salvação aparente na verdade pode ser outra armadilha. Fazem uma longa e penosa travessia pela Terra Queimada, percorrendo uma desolada paisagem cheia de obstáculos inimagináveis, procurando desvendar pistas sobre a misteriosa e poderosa organização conhecida como CRUEL e enfrentando forças superiores.