A história de Anna, uma jovem de 12 anos que, por razões de saúde, vai passar o verão a Kushiro, uma cidade à beira-mar na província de Hokkaido. Anna sempre foi muito solitária e nunca fez amigos. Acredita estar fora do círculo mágico invisível a que a maior parte das pessoas pertencem e por isso isola-se de todos os que a rodeiam. E é durante um dos seus passeios solitários pelo pântano que Anna descobre uma mansão isolada onde mora Marnie. Anna nunca pensou ter uma amiga como Marnie que não a julga por ser como é. Mas ao mesmo tempo que descobre a beleza da amizade, Anna começa a perceber que Marnie pode não ser bem aquilo que aparenta.