Pouco depois do intenso confronto em “Mononoke: O Fantasma à Chuva”, o boticário (Hiroshi Kamiya) volta a aparecer, desta feita no coração do Ōoku. No interior, a situação está a alterar-se no seguimento do incidente anterior. A concubina Otomo Botan (Haruka Tomatsu), uma mulher oriunda de uma família eminente, sucede a Utayama como a nova gerente e começa a impor o seu rígido estilo de liderança, alicerçado na disciplina e no equilíbrio. Esta nova dinâmica gera uma tensão crescente entre Botan e Fuki (Yoko Hikasa), uma cortesã experiente que gozou outrora dos favores exclusivos do imperador (Miyu Irino), e o fosso entre ambas aprofunda-se a cada dia que passa. Com o início do processo de seleção da pessoa que vai cuidar do filho recém-nascido da esposa do imperador, a imperatriz Yukiko (Atsumi Tanezaki), um acontecimento inesperado transforma completamente a situação de Fuki. A “criança indesejada” de Fuki é vista como uma ameaça pelo conselheiro Otomo (Kenyu Horiuti) e a mãe torna-se no alvo de uma teia de conspirações urdida pelos homens que detêm o poder. Motivações contraditórias e tentativas desesperadas de controlar a situação depressa causam uma espiral de caos. Em simultâneo, começa a dar-se uma série de estranhos incidentes, com pessoas a entrarem em combustão espontânea, ficando reduzidas a cinzas. O boticário desconfia de que se trata da obra de um ‘mononoke’ e apressa-se a entrar em ação para o neutralizar, mas depara-se com uma misteriosa ameaça em constante mutação de natureza aparentemente coletiva. A verdadeira identidade deste misterioso fenómeno é revelada: as crias do Rato de Fogo, ou Hinezumi, que não só atacam humanos como parecem estar à procura da mãe. Contudo, ela não se revela facilmente. O que levará Hinezumi a visar quem deseja fazer mal a recém-nascidos? Que tragédia alimenta a sua dor e a leva a consumir-se pelo fogo? O boticário mergulha nas trevas que se escondem no Ōoku para resolver o mistério e procura os três requisitos necessários para neutralizar o ‘mononoke’: Forma, Verdade e Razão.