A galáxia está a ser consumida pela Guerra dos Clones, uma enorme guerra civil que tem como rivais os terríveis Separatists e os seus exércitos de droids contra a República e os seus protectores Jedi. Para ganhar vantagem neste conflito, o Cavaleiro Jedi Anakin Skywalker e a sua aluna Padawan, Ahsoka Tano, são enviados numa missão com consequências de longo alcance, e que irá proporcionar um encontro com o famigerado criminoso lorde Jabba the Hutt. Cientes dos perigos que os esperam em Tatooine, Anakin e Ahsoka são também perseguidos pelo Conde Dooku e os seus agentes sinistros - incluindo o misterioso Asajj Ventress - que vão fazer tudo para garantir que os Jedi são derrotados. Entretanto, na linha de frente, Obi-Wan Kenobi e Mestre Yoda lideram os clones, de modo a resistirem às forças do lado negro...