Quando um meteoro cai sobre o Zoo de Colepepper, é libertado um vírus que transforma os animais em zombies. Gracie, uma jovem e peculiar loba, une-se a Dan, o puma para encontrar o caminho de volta para a sua alcateia. Com a invasão do Zoo, juntos têm de montar um plano para fazerem os animais voltar ao normal. Ao lado de um grupo de sobreviventes – Xavier, o lémure, Frida, a capivara, Ash, a avestruz, e Felix, o macaco – embarcam numa perigosa missão para salvar o Zoo e derrotar o Coelho Zero, o louco rei mutante determinado a espalhar o vírus para lá dos muros do Zoo. Bem-vindos… ao Zoopocalipse!