Vivendo no seio de uma sociedade que os descrimina, os mutantes são encarados ainda com mais desconfiança depois de um ataque devastador levado a cabo provavelmente por uma espécie mutante com poderes extraordinários.
Odiados e olhados com desconfiança entre humanos e mutantes, o ataque sem razão de um mutante ao Presidente dos Estados Unidos, dá ao General William Stryker (Brian Cox) a sua oportunidade há muito ansiada, para desencadear uma guerra sem limites contra os mutantes. Uma guerra que se deixará viva uma raça. Xavier (Patrick Stewart), Wolferine (Hugh Jackman), Storm (Halle Berry) e os outros X-Men têm que se unir ao seu antigo adversário Magneto (Ian McKellen) para prevenir um confronto devastador que poderá exterminar todos os habitantes do planeta.
