As verdadeiras intenções de Gideon são finalmente reveladas, enquanto tenta envolver Lucy na sua missão de deter o que considera ser uma esquiva força maléfica. A segunda temporada é, simultaneamente, uma sequela e uma prequela da primeira.

Entretanto, Isaac, o filho de Lucy, todos os dias descobre novas emoções (o que pode ser um problema para si) e luta para manter o equilíbrio mental num mundo que o rejeita tal como é.

Novos mistérios revelam-se à medida que as histórias convergem para um momento singular, o qual mudará o destino das personagens para o resto das suas vidas.