Baseado no aclamado romance de Scott Heim, Mysterious Skin conduz-nos ao interior dos corações e das mentes de dois rapazes muito diferentes com vidas muito diferentes que talvez não sejam tão diferentes quanto aparentam....
Aos oito anos Brian Lackey acordou na cave da sua casa com o nariz a sangrar, sem ter ideia de como ali foi parar. Depois disso a sua vida mudou: fica com medo do escuro, molha a cama e é atormentado por terríveis pesadelos. Agora, com 18 anos, Brian acredita que foi raptado por extraterrestres. Neil CcCormick é o rapaz de que todos gostam mas de que não se aproximam e que aos 18 anos se lembra da relação que tinha com o treinador de basebol aos oito anos. A procura de Neil pelo que ela acha que é o amor leva-o a Nova Iorque. O desejo de Brian de saber o que lhe aconteceu realmente leva-o a Neil. Juntos percebem que os acontecimentos que os marcaram não foram o que acharam ser.