A cidade precisa de heróis. A escuridão instalou-se em Nova Iorque desde que Shredder colocou o seu punho de ferro em todo o lado, da polícia aos políticos. O futuro é cruel até quatro improváveis irmãos se erguerem dos esgotos e descobrirem o seu destino como Tartarugas Ninja. Estes heróis mutantes vão ter de trabalhar com a destemida repórter April O'Neil e com o seu rabugento cameraman, Vern Fenwick, para salvar a cidade e desvendar o plano diabólico de Shredder.