Esta é a vida e trabalho de uma equipa talentosa e incansável de agentes dedicada à resolução de casos criminais envolvendo os Fuzileiros e a Marinha da Austrália.

Com o aumento das tensões internacionais no Índico e no Pacífico, é criada uma equipa eclética de agentes do NCIS dos EUA e da Polícia Federal Australiana (AFP), para manter os crimes navais sob controlo na zona oceânica mais disputada, militarmente, do planeta. Sob a liderança da agente especial do NCIS Michelle Mackey e do seu homólogo da AFP, o sargento Jim “JD” Dempsey, este grupo terá de aprender rapidamente a confiar uns nos outros. Superando e aproveitando as suas diferenças culturais e profissionais, trabalham juntos para resolver cada caso de forma eficaz.

No primeiro episódio da segunda temporada, a equipa compromete-se a fazer tudo o que for preciso para resolver o caso de um assassino em fuga, isto durante o caótico primeiro dia do agente especial do NCIS DeShawn Jackson.