Itália, final do século XVII. Baseado no livro "Immodest Acts: The Life of a Lesbian Nun in Renaissance Italy", de Judith C. Brown, que por sua vez é inspirado numa história real, "Benedetta" traça o retrato de uma freira católica que tem visões eróticas e religiosas perturbadoras, a irmã Benedetta Carlini.

Desde muito nova, Benedetta possui o dom de fazer milagres, e quando se muda para um convento em Pescia (Toscana), isso tem um enorme impacto na comunidade. Entretanto, acolhe Bartolomea, uma jovem que lhe implora abrigo e protecção, e as duas tornam-se muito próximas, crescendo entre elas um romance ardente… A madre superiora e o enviado do Vaticano debatem-se com um dilema.