1964, Escola de St. Nicholas, Bronx. Um animado e carismático sacerdote, o padre Flynn está a tentar acabar com os austeros uniformes escolares que são defendidos ferozmente, há já muito tempo, pela irmã Aloysius Beauvier, a directora com mão de ferro que acredita no poder do medo e da disciplina. Os ventos da mudança política estendem-se pela comunidade e a escola acaba de aceitar o seu primeiro estudante negro, Donald Miller. Mas quando a irmã James, uma inocente optimista, partilha com a irmã Aloysius a sua suspeita de que o padre Flynn presta demasiada atenção a Donald, a directora enceta uma cruzada pessoal para descobrir a verdade e expurgar Flynn da escola. Sem nenhuma prova para além da sua certeza moral, a irmã Aloysius vai entrar numa batalha de força com o padre Flynn que vai dividir a comunidade com consequências irrevogáveis.