J viu algumas coisas inexplicáveis nos seus 15 anos com os Homens de Negro, mas nada, nem mesmo extraterrestres, o conseguiram surpreender tanto como o seu estranho colega. Mas quando a vida de K e o destino do planeta estão em jogo, o agente J terá que viajar para trás no tempo para remediar as coisas. J descobre que existem segredos no Universo, acerca dos quais K nunca lhe falou -- segredos que irão revelar-se quando ele fizer equipa com o agente K mais novo para salvar o seu parceiro, a agência e o futuro da humanidade.